メトリックなど登録されている各種データをcsv形式などでダウンロードすることはできますか？

Mackerelに登録されている各種データは、Mackerel の Web API により JSON 形式にて取得することが可能です（それ以外の方法・方式はサポートしていません）。詳しくは API ドキュメントを参照してください。